По миру победно шествует индустриальная революция, новые технологии все прочнее входят в жизнь, а перед человечеством неожиданно встает новая проблема, способная погубить всех и зарубить современную цивилизацию сразу после ее создания. Монстры, убить которых можно только ударом в сердце, защищенное слоем железа, кусают людей и заражают их странным вирусом, превращающим живых в Кабанэ — агрессивных нежитей, очень похожих на зомби. От одного его укуса люди заражаются и становятся агрессивной нежитью — кабанэ. Сюжет аниме «Кабанэри железной крепости» начинается на дальневосточном острове Хиномото ради защиты от этих монстров люди построили специальные станции, между которыми передвигаются с помощью парового локомотива Хаяджиро. На станции Араганэ живёт Икома, мальчик, который помогал строить локомотив. Чтобы победить монстров, он создал собственное оружие — Цуранукизуцу. Однажды он встречает девушку, Мумэй, освобождённую от обязательной инспекции. Ночью они видят, что Хаяджиро вышел из-под контроля, его персонал стал монстрами, а кабанэ нападают на станцию. Однако именно такой возможности Икома и ждал.