Аниме «Перезапись» расскажет о Котаро Тэнноджи — ученике обычной старшей школы, которая расположена в живописном японском городе Казамацури. Он весело проводит время, общаясь со своей единственной подругой детства Котори и подшучивая над горделивым главным хулиганом школы Харухико. Недовольный малым количеством друзей, Котаро решает вступить в клуб оккультизма, президентом которого является старшеклассница Аканэ, известная как «Ведьма». Со временем в клуб вступают Котори, переведённая ученица Чихая, а также две подруги: староста класса Люсия Конохана и ученица младших классов Шизуру Накацу. В свободное от занятий время ребята вместе разгадывают мистические загадки города и школы, где начинают происходить странные вещи. Котаро и сам не замечает, как попадает меж двух огней, и оказывается втянут в войну двух всемирных тайных организаций.