Главная сюжетная линия сериала «Темная материя» строится вокруг экипажа заброшенного космического корабля. Шесть человек выходят из состояния анабиоза и понимают, что все они потеряли память. Никто из героев не помнит собственного имени, а также того, как и с какой целью он оказался на борту.
Каждый из членов экипажа имеет свои способности и навыки, которые, несмотря на амнезию, остались при них. И лишь объединившись в единую команду и заручившись поддержкой находящегося на борту робота, герои смогут понять, что же произошло на самом деле. После чего им предстоит задуматься о выживании, ведь сам корабль и космическое пространство вокруг него таят множество неприятных сюрпризов. Впрочем, чрезвычайно опасны и сами загадочные пассажиры.