Доктор Лайт и Доктор Вайли — научные гении, создающие роботов-андроидов на благо человечества. Первый робот оказался неудачным и разрушил лабораторию. Отключив робота и сославшись на ошибки, Лайт решает начать всё заново. Однако ночью Вайли похищает чертежи роботов для своего плана по захвату мира, а ранее отключённого робота переделывает в Прото Мена.
Доктор Лайт создаёт ещё двоих роботов: Рока и Ролл, а также роботов-ассистентов Кат Мена, Айс Мена и Гатс Мена. Ночью доктор Вайли в сопровождении Прото Мена врывается в лабораторию и перепрограммирует 3-х роботов, чтобы те подчинялись ему. Также они похищают Рока и Ролл, чтобы перепрограммировать их тоже. Последние сбегают, обманув Вайли, после чего Рок просит доктора Лайта переделать его в боевого робота и становится Мега Меном.
Доктор Лайт создает для него робота-пса Раша, который может перевоплощаться в разные транспортные средства, такие как реактивная доска, водный мотоцикл т.д. Практически во всех эпизодах, Мега Мен постоянно сражается против доктора Вайли и всегда рушит его планы.