Действие разворачивается через 5 лет после событий мультсериала «Бен 10». Бен Теннисон смог снять с руки Омнитрикс и смог вести жизнь обычного школьника, а Гвен смогла управлять своими магическими силами без произношения заклинаний. Теперь Бену 15 лет. Но в один прекрасный день его дедушка Макс, занимающийся исследованием пришельцев, загадочно исчезает. Бен, снова одевший Омнитрикс, в котором все старые супергерои заменились на совершенно новых, и Гвен отправляются на его поиски. Они обнаруживают, что новая раса инопланетян, которую изучал их дедушка, готовят массовое вторжение, чтобы уничтожать человеческий род.Также у Бена и Гвен появляется союзник, бывший враг Бена Кевин И.Левин. Бен вместе со своей кузиной вынужден объединиться с бывшим врагом — Кевином, создав команду, чтобы противостоять вторжению пришельцев. Между Беном и Кевином возобновляется дружба, а между Гвен и Кевином возникают романтические отношения. На протяжении двух сезонов мультсериала Бен, Гвен и Кевин борются с инопланетным вторжением, спасают детей Санитаров Космоса, а в третьем сезоне, справившись с предыдущей инопланетной угрозой, у них появляются новые миссии. В третьем сезоне также возвращаются многие прошлые враги Бена, в том числе и Вилгакс.