Джэй, Кей, Эл, основные герои мультфильма, состоят на службе в особо секретной организации «Люди в Черном». Организация была создана для регулирования и контроля инопланетной иммиграции. «Людям в Черном» благодаря своим технологиям удаётся хранить долгое время в секрете от общественности факт своего существования. Они — самый большой секрет на Земле. Они работают на неофициальное правительственное агентство, регулирующее деятельность инопланетян на земле. Они — это лучшая, последняя и единственная линия защиты Земли от отбросов Вселенной. Их работа секретна, их оружие совершенно, им нет равных, они не оставляют следов. Они — это «»Люди в Черном».Мультфильм основан на популярном одноименном фильме. Стоит отметить, что события второго фильма уже основаны на сюжете данного мультсериала.