Некий злодей Мукадэ «случайно» открывает временной портал в заброшенных руинах Роуран вблизи Деревни Песка. Наруто попадает в то время, когда был жив его отец — Минато Намикадзэ. Вместе со своим отцом Наруто должен противостоять злу, которое грозит Конохе и всем странам синоби. Враг сумел попасть в прошлое на 6 лет раньше и возвёл над Роураном грандиозный город башен, который во времени Наруто и стал руинами. Сила, протекающая под землёй в этой местности, питает через башни кукольную армию злодея. Вместе с принцессой и жителями города Наруто раскрывает замысел Мукадэ и уничтожает его, а его проводящий чакру нож становится семейной реликвией правителей Роурана.