Незаметно пролетели два года к началу аниме «Наруто: Ураганные хроники», и Наруто исполнилось шестнадцать лет. Наконец он снова в родной деревне. Бывшие друзья повзрослели и окрепли. Новая группа, куда вступает Наруто, называется Команда Какаси, правда, вместо Саске теперь другой ниндзя по имени Сай. За прошедшее время Наруто совершенствовал свое боевое мастерство, овладел приемами нинджутсу и тайджутсу.
Однако в деревне не спокойно. Представители клана Акацуки тверды в своем желании отловить джинчуриков – людей, в которых сидят души хвостатых зверей. Поскольку Наруто относится к таким же существам, он знает, что ему предстоит тяжелая борьба за жизнь. Ко всем бедам пропал Саске. Наруто знает, что друга грозит смертельная опасность от Орочимару, однако Саске волнует совсем другое – он мечтает отомстить, убив своего брата.
Обозлившись на руководство деревни, Саске переходит в клан Акацуки и клянется стереть Каноху с лица Земли. Тем временем представители Акацуки идут в наступление, в результате чего посёлок почти полностью уничтожен. Великий совет Кагэ немедленно собирает предводителей ниндзя всех близлежащих селений. Начинается Четвертая Мировая Война Ниндзя.